ソニックメガコレクションにはメガドラのソフトが入ってる。CleanRipしてDolphin実行中にuserdumpしたらいいんじゃないか?
userdump.exe -pでプロセス番号を調べて、userdump.exe -k [プロセス番号] dump.binでDolphinごとDUMPします。あとは「ぽんRev!!」さんの手順を参考にROMファイルを切り出します。
http://ponrevival.blogspot.jp/2010/08/gc-rom.html
切り出したROMサイズとCRC32はいつものところで確認する。
https://raw.githubusercontent.com/mamedev/mame/master/hash/megadriv.xml